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基于華為云彈性云服務器ECS完成鯤鵬代碼遷移工具實踐

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舉報 2022-08-15

【摘要】 基于華為云彈性云服務器ESC(鯤鵬服務器),部署鯤鵬代碼遷移工具利用掃描遷移工具進行源碼分析,根據掃描建議修改源碼,讓源碼在鯤鵬平臺可以正常編譯運行

零、前情提要

先來說句題外話,最近華為鯤鵬DevKit訓練營開始了,有興趣的同學可以試一試!

更多詳情可參考鯤鵬開發者社區。

一、目標

基于華為云彈性云服務器ECS,自行部署鯤鵬代碼遷移工具,完成鯤鵬代碼遷移工具實踐——進行Megahit源碼遷移。利用掃描遷移工具進行源碼分析,根據掃描建議修改源碼,讓源碼在鯤鵬平臺可以正常編譯運行。

華為云彈性云服務器ECS配置:

二、操作前提

1. 認真觀看遷移工具的實戰視頻

可到鯤鵬開發者社區查看,還有很多詳細的文檔資料啊。

2. (可選)申請遠程實驗室

因為ECS需要購買,如果不方便購買,可以到在鯤鵬社區申請免費的遠程實驗室,操作系統選擇OpenEuler。

不得不說,遠程實驗室的配置還是很強大的啊。

申請之后,會收到一封郵件,郵件提供了賬號等信息,注意要按照郵件指導,在 VPN 端登錄,之后才能使用遠程實驗室。

注意,請卸載除官方提供的VPN軟件外的其他VPN軟件,否則可能即使VPN登錄成功,也無法訪問,切記!!!這是血淚教訓。

下面操作對ECS和遠程實驗室的操作都做了介紹,無論選擇哪種方式,都可以的!

三、準備工作

如果你使用的是遠程實驗室,按照官方介紹,是打開工具的web網頁 ,并進行登錄。該web界面的IP地址,賬號以及密碼等信息在郵件中有詳細說明哦。注意如果提示風險,要選擇繼續哦。

登錄后的界面為:

好了,就是先看看哈,驗證下可以正常訪問遠程實驗室,后面會用到,這里我們先來做準備工作,用MobaXterm登錄剛購買的ECS啊。

下面準備Megahit源碼。這里簡單介紹下哈,Megahit是一個超快速和內存高效的NGS匯編程序。它是針對多基因組優化的,但也適用于一般的單基因組組裝和單細胞組裝。需要注意的是Megahit源碼包存在大量匯編,后面我們會注意到遷移到鯤鵬平臺前需要識別并驗證通過“鯤鵬代碼遷移工具”遷移后的代碼是否正確,以及識別出是否還有“鯤鵬代碼遷移工具”遺漏的相關文件。

1. 使用MobaXterm工具,以root用戶登錄服務器。

就是ssh登錄,常規操作了,如果看到類似如下界面,說明登錄成功:

2. 進入“鯤鵬代碼遷移工具”源碼文件存放路徑。

cd /opt/portadv/portadmin/sourcecode/

3. 下載Megahit源碼。

git clone https://github.com/voutcn/megahit.git

4. 將代碼進行合并。

注意如下代碼不對,正確代碼請見這小項最后。

cd megahit/ && git submodule update -init

這里注意不要直接復制教程中所給的代碼,因為教程中的-init中的-符號有問題,會報錯如下:


對了,在英文模式下,單擊鍵盤上的字母I就能編輯了。

退出保存,需要先點擊鍵盤左上角的Esc鍵,之后執行:

:wq!

再次執行make命令,編譯通過。

注意,編譯是比較耗費時間的,大家可以先休息一下,眺望遠方,放松下眼睛。編譯運行中界面:

top命令查看CPU運行情況:

經過大約2分鐘的等待,編譯完成了,期間運行內存在3.5GB上下浮動。完成界面如下圖所示:

六、運行和驗證

記住啊,目前我們是使用MobaXterm工具,以root用戶登錄遠程實驗室的服務器。

1. 下面,進入可執行文件的安裝目錄。其實,就是當前目錄,因為我們之前就是在這個目錄編譯的,這里是為了再確認一下。

cd /opt/portadv/portadmin/sourcecode/megahit/build/

2. 執行以下命令運行:

make simple_test

注意:make simple_test里用到的.fa文件是github上下載軟件包的時候就自帶了,無需額外下載。

運行截圖:

最終運行結果展示:

搞定了,完結,撒花!!!

結語

如果是體驗過程中,有哪些要反饋或吐槽的?

1.VPN連接

如果你使用的是鯤鵬社區的免費遠程實驗室,那么這個VPN算一個,我正在調試程序,居然自己斷開了,報錯如圖所示:

退出VPN再登錄也不好用,有點不穩點吧。而且太耽誤進度了,我可就差重新編譯驗證了。好吧,其實我坦白,重新make時報錯了,我正準備定位問題,修改呢。正在興頭上,突然就斷了???

不過我可能錯怪它了,上圖報錯可能是我本地網絡較差,經過重啟電腦,等待之后就又能連接上了。

2. 鯤鵬遷移工具的Web界面顯示文件名稱不全

第二個就是鯤鵬遷移工具的Web界面了,在源碼遷移建議那里無法查看完整文件名稱,鼠標懸停也不行,也無法調整顯示寬度,有點不友好啊。


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